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モンクの世界一のファンを自認し、ほとんどストーカーと化しているマーシー。警察の独身男性オークションに出たモンクを800ドルで競り落とし、モンクは戦々恐々とするが彼女にはある理由があった。近所の主婦の惨殺死体が自宅の物置で発見され、警察はマーシーの愛犬オットーが殺したと断定したが、オットーは事件の３日前に死んでいたのだ。死体を掘り起こすと歯型は主婦の死体にあったものと一致するが、モンクは真犯人がいると確信しマーシーと共に捜査に乗り出す。
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大物ラッパーのエクストラ・ラージが車爆弾で殺され、レコード会社の移籍問題でモメていたライバルのラッパー、マーダラスが容疑者として浮上。無罪を主張する彼から依頼を受けたモンクは恐怖のあまりノーとは言えず引き受けるが、マーダラスに不利な証拠が次々と出てきてしまう。マーダラスの逮捕が迫る中、真犯人を見つけなければ命はないと怯えるモンク。だが、ナタリーの一言で正気を取り戻し、エクストラ・ラージが移籍したレコード会社のオーナーに疑惑の目を向ける。
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ヌーディスト・ビーチで若い女性の刺殺体が発見されて、ビーチ沿いのトレーラーに住む男シンガーに容疑がかかるが、彼は事件当夜は留置場にいた。ビーチを見下ろす大邸宅に住む大富豪マグネリに話を聞きに行くと、夜中に何度もブザーをならした女性がいたこと、反ヌーディストのマグネリがシンガーらと裁判中であることがわかる。裸恐怖症のモンクはシンガー犯人説に固執するが、クローガー先生のカウンセリングでトラウマの原因を突き止め心機一転、一から事件を見直すことに。
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ストットルマイヤー警部の恋人リンダ・フスコの仕事上のパートナー、ショーンが射殺される。17年勤めたフスコ不動産を辞めて独立する予定だったショーンに対して、モンクは顧客を奪われることを阻止するという動機もあり、凶器のショットガンも撃てるリンダが犯人だと確信する。だが、犯行時刻に警部やモンクらとウェブカメラで会話していたリンダは、犯行現場とは50キロも離れた自宅の寝室にいたのだった。自説を信じるモンクはリンダのアリバイを崩すことができるのか？
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家に侵入した男デューイと妻を撃ち殺したロブ。警察には妻を殺され正当防衛で犯人を撃ったと主張するが、現場の状況に不審な点があり、またロブとデューイが一緒にいる場面を見た記憶があるモンクは2人が共犯だという仮説を立てる。実際に2人は４週間前に同じ裁判所の同日同時刻に出廷していたのだが、知り合いだったという証拠が得られない。そんな中、モンクが柄にもなく恋愛相談に乗ったナタリーの娘ジュリーに、アメフト部のスター選手が急接近する。その真の目的とは…？
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モンクのセラピスト、クローガー先生の反抗期の息子トロイが友達と遊んでいた駐車場で男の死体を発見する。心臓発作で死んだ男が実は銀行強盗で、車内にあった地図の場所に大金を埋めたと考えた彼らは警察には届けず、学校の宿題だと嘘をついてモンクに地図の解読を頼む。クローガー先生の役に立てると張り切り、地図の解読に成功するモンク。だが、ストットルマイヤー警部から2人組の銀行強盗の件で相談を受け、トロイたちが事件に関係していることに気づく。
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危険に挑む庶民のヒーロー、通称シスコ・フライが高層ビルから落下するも奇跡的に命は助かる。その正体が、同じクローガー先生のもとに通う患者で犬猿の仲のハロルドだと聞かされたモンクは、彼が高所恐怖症を克服した事実に激しく落ち込む。一方、林で見つかった車の中の焼死体を調べていたディッシャーが死体の身元にたどりつくと、その人物こそが本物のシスコ・フライだった。気を取り直したモンクは、病院に見舞いに来ていたハロルドの親戚ジョーイのもくろみを見破る。
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14年前にモンクが殺人事件で有罪にしたマックスが、控訴審で最新のDNA鑑定により無罪となり釈放される。罪悪感に苛まれるモンクはマックスの就職先を支援し、別れた妻の居場所も探して再婚を踏みとどまらせようと奔走するが、14年前の目撃証人の女性の話から共犯者の存在に気づく。一方、ストットルマイヤー警部らは再捜査で浮上したマックスの相棒ポーリーの自宅に駆けつけるが、時既に遅く首を吊って死んでいた。現場を見たモンクは自殺を装った殺人だと見抜くが…。
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街ですれ違った中年女性の瞳に引きつけられたモンクは、彼女のことが忘れられず不眠症に陥り、夜更けの散歩へ。例の女性が運転するタクシーに遭遇し、後を追いかけるうちに迷い込んだ路地の飲食店の厨房で麻薬取引がこじれて覆面捜査官が射殺されるところを目撃する。だが、警察が到着すると遺体も血痕も消えていた。モンクは寝不足で幻を見たのか？ やがて例の女性の情報を得るために訪れたタクシー乗り場のある駅で、モンクの前に死んだはずの覆面捜査官が姿を現す。
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クリスマスが近づく中、サンタの格好をしたケンワージーという男がビルの屋上からオモチャをばらまく。人々は喜ぶが、クリスマスが苦手なモンクはサンタを止めるべく屋上へ。数分後に銃声が響き渡り、現場の状況からモンクにサンタの肩を撃った容疑がかかる。銃はケンワージーが持っていたもので正当防衛を訴えるが、誰もモンクの主張を信じてくれない。間もなく美術館で働く女性が殺され、ケンワージーが絡んでいるとにらんだモンクは独りで彼の悪だくみを暴くことを決意する。
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若い女性アマンダが刺し殺されている現場を目撃したドノバンは、車で病院へ運ぶが女性は死亡。ドノバンは1年前まで彼女が信者だったカルト教団「太陽の兄弟」の教祖が犯人だと証言するが、決定的な証拠がないためモンクが教団へ潜入することに。大方の予想通り、モンクはあっという間に教祖に洗脳されて信者と化してしまう。危険を感じたストットルマイヤー警部は無理矢理モンクを連れ去りナタリーの家に監禁。クローガー先生がモンクの洗脳を解くべく奮闘する。
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モンクの亡き妻トゥルーディの形見のブレスレットを預けていた貸金庫のある信託銀行に強盗が入り、女子行員が撃たれ現金と貸金庫の中身が盗まれる。ロシア人らしき強盗には銀行内部に共犯者がいると考えられ、モンクは自ら銀行の警備員として関係者を監視。支店長に疑惑が生じるが、彼は自宅で殺されており車のトランクから死体が見つかる。死体のポケットにあった質札から質屋を訪れたモンクは、ブレスレットほか盗品の多くがなぜかまだ銀行の貸金庫にあると推理する。
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ナタリーの娘ジュリーと同姓同名のジュリー・ティーガーという年齢の違う2人の女性が連続して殺される。警察は精神的に問題を抱える35歳の男マシューの母親の名がジュリエット・ティーガーで、母親への倒錯した愛情から事件を起こしたと考える。家宅捜索をすると病死した母親は剥製にされていた…。ストットルマイヤー警部らはマシューから自白を引き出そうとするが、モンクは彼がナイフを持ち歩いていた理由に注目し、真犯人は別にいると考える。
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廃品リサイクル店で起きた殺人事件で呼ばれたモンクは、店主から絵の具とキャンバス一式を手に入れる。セラピストのクローガー先生に趣味を持つよう言われていたモンクは、ナタリーの薦めもあって絵画教室へ通うことに。誰もが仰天する珍妙な絵を描くモンクのもとにロシア人美術商ペーチャが現れ、モンクの絵を次々と高額で買い取る。最初は有頂天になるもペーチャにある疑念が生じるモンク。その頃、今度はリサイクル店の店主が殺された事件を調べていたストットルマイヤー警部は…。
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電気店から爆弾の遠隔装置の材料が盗まれ、その中にはモンクの愛妻トゥルーディを殺害した爆弾と同じマグネシウム電池が含まれていた。しかも妻殺しのカギである６本指の指紋が見つかり、モンクは電気店に残されていた暗号文を解読して1人でその場所へ向かう。ついに犯人と向き合うも黒幕は別にいるらしく、話を聞き出す前に男は銃弾に倒れてモンクが容疑者として逮捕されてしまう。護送車から脱走したモンクはナタリーの協力を得て、自分を罠に陥れた人物にたどり着くが…。
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黒幕に操られているロリンズ保安官らを欺くために、ストットルマイヤー警部と結託して死を偽装したモンク。事情を知らされていないナタリーやディッシャーは悲しみに沈む。警部が捜査を進める一方で、洗車係をしながら潜伏するモンクはある事件を解決して新聞に紹介され、ナタリーは真相を知る。モンクと涙の再会を果たすも、ロリンズに居場所を知られたモンクとナタリーは追手を振り切りながら事件の核心を暴く。果たして恐るべき陰謀を企む黒幕の正体とは…？
